Департамент биологических ресурсов Минприроды РС(Я) образован Указом Президента РС(Я) от 9 октября 1995 года № 1182 и постановлением Правительства РС(Я) от 31 октября 1995 года № 475, на базе Управления регулированием природопользования Минприроды РС(Я), лаборатории охотничьего хозяйства и Департамента прогнозирования и регулирования рыбных ресурсов РС(Я).

Основу кадрового состава вновь созданного Департамента составили специалисты с высшим образованием биологической направленности, в том числе 8 кандидатов биологических наук и 1 кандидат экономических наук. Многие сотрудники имели многолетний опыт работы по различным направлениям биологии (зоология, ихтиология, орнитология, энтомология, ботаника) в научных подразделениях республики.

Проходившая в 90-х годах прошлого столетия в стране масштабная административная перестройка ликвидировала в республике специализированные учреждения по рыбо- и охотохране. В связи с чем, на вновь созданный Департамент биоресурсов были возложены все функции, касающиеся не только охраны и использования рыбных и охотничьих ресурсов, но и в области всего животного мира, включая и ведение Красной книги РС (Я).

Созданное единое государственное управление в области использования биологических ресурсов, позволило эффективно решать вопросы рационального природопользования и в полной мере соответствовало ст. 12 Федерального закона «О животном мире», запрещающей совмещение деятельности по осуществлению государственного контроля за использованием и охраной животного мира и среды его обитания с деятельностью по использованию объектов животного мира.

Департамент, являясь структурным подразделением Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия), впервые в истории Якутии созданной единой республиканской природоохранной системы, осуществлял свою деятельность на всей территории республики через районные, территориальные и бассейновые комитеты и инспекции охраны природы. Данная схема государственного управления была одобрена Госкомитетом по охране окружающей среды Российской Федерации и Коллегией Якутской республиканской прокуратуры, а также российскими и зарубежными специалистами в области охраны природы, как наиболее удачная система среди субъектов России, действительно отвечающая целям и задачам сохранения живой природы. В 1998 году Управлением сохранения биоразнообразия Госкомитета по охране окружающей среды Российской Федерации, информация о деятельности Департамента биоресурсов Минприроды РС(Я) была распространена официальным обращением как положительный пример всем регионам Российской Федерации.

Департамент начал свою деятельность с разработки и проведения практических мероприятий по «Программе реализации Государственной экологической политики в области сохранения и обогащения биоразнообразия флоры и фауны», утвержденной Указом Президента РС(Я) от 7 мая 1996 года № 1376. Проведена большая работа по совершенствованию нормативно-правовой базы в области охраны и регулирования использования биоресурсов, а также по приведению в соответствие федеральному законодательству нормативных правовых актов республики по охране животного мира и водных биоресурсов. Были подготовлены проекты законов Республики Саха (Якутия) – «О рыболовстве, рыбном хозяйстве и сохранении водных биологических ресурсов» и «Об охоте и охотничьем хозяйстве», регулярно разрабатывались нормативные правовые акты, в том числе указы и распоряжения Президента РС(Я), постановления и распоряжения Правительства РС(Я).

До 2008 года все полномочия по организации и осуществлению охраны и воспроизводства объектов животного мира, в том числе отнесенных к объектам охоты, исполнял Департамент биоресурсов.

Департаментом был подготовлен проект постановления Правительства РС(Я) от 26 марта 2001 года № 181 «О порядке ведения учета объектов животного мира на территории РС(Я)», который регулировал порядок и периодичность проведения работ по учету объектов животного мира в целях научно обоснованного квотирования их добычи, организовывались авиа- и наземные учеты численности животных. Так, данным постановлением были выделены финансовые средства на проведение авиавизуального учета численности копытных животных на всей территории республики. На основании регулярно проводимых зимних маршрутных учетов охотничье-промысловых животных осуществлялось лимитирование их добычи и организация охранных мероприятий. Одним из значимых моментов этой работы является то, что Департаментом были сформированы и обучены постоянно действующие группы учетчиков из специалистов научных подразделений республики, которые и в настоящее время являются главным звеном ведения учетных мероприятий, специально уполномоченным органом в области охоты.

Из-за катастрофического сокращения численности лося, практически на всей территории республики, по инициативе Департамента, постановлением Правительства РС(Я) от 24 июля 1997 года № 340 «О введении временного моратория (запрета) на добычу диких копытных животных» был объявлен запрет на добычу этого важнейшего представителя таежных экосистем в тех местах, где он подвергался наибольшему преследованию. Сегодня можно констатировать, что, несмотря на непопулярность среди охотников, мера оказалась эффективной. Объявленный мораторий на добычу лося, действовавший по 2002 год, смог преодолеть тенденцию дальнейшего спада их численности путем пресечения массового уничтожения, особенно с применением высокопроходимой техники и совершенного оружия, с угрозой достижения видом критической численности, после которой он мог бы исчезнуть на десятилетия. Численность вида стабилизировалась и начала повышаться, что дало возможность вновь открыть лицензионную охоту на диких копытных животных на этой территории.

Во исполнение Указа Президента РС(Я) от 21 июня 2001 года № 1433 «О государственном содействии в восстановлении биоразнообразия, мерах по рациональному использованию объектов животного мира в первой четверти XXI века в РС(Я)» разработана и реализована Программа создания сети воспроизводственных центров-питомников диких животных (овцебык, лось, кабарга, соболь и т.д.).

Достижения Департамента значительны в области воспроизводства биоресурсов, как наземных, так и водных. Общеизвестна работа по расселению овцебыков, начатая в 1996 году. Эта фундаментальная акция по возрождению представителя мамонтовой фауны, получила свое логическое продолжение на всероссийском уровне. После того, как в Якутии были получены положительные результаты расселения овцебыков, произведены выпуски в Ямало-Ненецком автономном округе и Магаданской области, планируется вести работы на Чукотке. Идея расселения овцебыков вошла в планы реализации Концепции устойчивого развития коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации.

В 2006 году сотрудниками Департамента впервые в мировой истории проведена трансконтинентальная перевозка 30 голов лесных бизонов, ставшая отправной точкой для формирования популяции вида в Якутии. Вторая группа из 30 животных перевезена в 2011 году и в 2013 году – третья партия бизонов в количестве 30 голов. Для бизонов построены два питомника «Усть-Буотама» и «Тымпынай».

В структуре Департамента, впервые в истории республики, организован зоопарк «Орто-Дойду», который в настоящее время, получив статус самостоятельного республиканского госучреждения, успешно функционирует и стал популярным местом отдыха населения, эффективным средством экологического воспитания подрастающего поколения, сохранения редких и малочисленных видов.

Учитывая значимость рыболовства в социально-экономической жизни сельских жителей республики, проводились масштабные мероприятия по восстановлению подорванных ресурсов рыб. Совместно с Чернышевским рыбоводным заводом водоемы центральных и северных улусов зарыблялись сиговыми рыбами, осетром и кетой. В 2005 году в местах выпуска зарегистрированы максимальные уловы кеты (в бассейне р. Колыма – до 2 тонн). По нормативам эффективность работ от общего количества выпущенных личинок сиговых составило более 900 тонн.

С 2000 года согласно распоряжению Правительства РС(Я) от 03 мая 2000 года № 673-р в рамках реализации Государственной программы «Зарыбление водоемов РС(Я) на 2000 год» и во исполнение Указа Президента РС(Я) от 21 июня 2001 года № 1434 «О развитии рыбного хозяйства, проведении рыборазводных работ в первой четверти XXI века в РС(Я)» велись широкомасштабные рыбоводные мероприятия по повышению рыбопродуктивности водоемов.

В рамках общественного движения «2000 добрых дел» в 2002-2005 годах перевезено 273 000 живых карасей и зарыблено 1900 озер. Эффективность работ от общего количества выпущенных карасей составила более 700 тонн товарной рыбы. В некоторых улусах вылов карася увеличился почти в 2 раза.

При активном участии специалистов Департамента организован и проведен ряд крупных международных мероприятий: Международные семинары рабочей группы Северного Форума по бурым медведям (2004 и 2009 гг.); Международный Форум по изучению и сохранению животного мира Арктики (2007 г.); Международный симпозиум по лосю (2008 г.); II и III встречи рабочей группы Северного Форума по сотрудничеству северных зоопарков – в городах Санкт-Петербург (2007 г.) и Якутск (2008 г.); научно-практическая конференция «Принцип экологического императива при промышленном освоении Арктической зоны РС (Я)» (2008 г.).

По результатам работ Департамента изданы справочные, научные и научно-популярные публикации: «Красная книга Республики Саха (Якутия). Т. I. Редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды растений и грибов, Т. II. Редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды животных»; сборники: «Изменения и дополнения в действующие Правила рыболовства Республики Саха (Якутия)» и «Почвы, растительный и животный мир Юго-Западной Якутии»; словарь-справочник «Позвоночные животные Якутии», монографии: «Снежный баран Верхоянья», «Цикадовые Якутии», «Промысловые рыбы Якутии» и «Охотничье-промысловые птицы РС(Я)», буклеты и фотоальбом; совместно с научными подразделениями республики изданы атласы: «Республика Саха (Якутия)», «Лекарственные растения Якутии» и «Рыбы Якутии» (в миниатюрном формате), разработаны «Стратегия сохранения биоразнообразия РС(Я)» и «Стратегия сохранения стерха РС(Я)»; по просьбе Администрации Ленского района издана научно-популярная книга «Храни в душе дыхание тайги», посвященная природе региона. Сотрудниками Департамента публиковались статьи и рекомендации по учету, охране и воспроизводству животных, карта зарыбления Якутии.

В 2005-2006 гг. оказывалась практическая организационная помощь киносъемочной группе Информационного Бюро Министерства природных ресурсов и экологии РФ в съемках документальных фильмов «Архитектура времени» о Природном парке «Ленские столбы» и «В поисках северного быка» – об овцебыках Таймыра и Якутии.

В 2005 году совместно с отделом экологического просвещения Минприроды РС(Я), телестудией НВК «Саха» и общественной организацией «Эйгэ» выпущены 10 телепередач «Ойкос – страна чудес», освещавших природу Якутии.

В 2006 году в Российской Федерации начался новый виток административной реформы органов исполнительной власти – в регионах начали воссоздаваться федеральные территориальные подразделения в области охоты и рыболовства, стал определяться и разделяться круг полномочий, решался вопрос выделения финансирования из федерального бюджета на основе субвенций. И, в соответствии с требованиями федерального законодательства, после проведенной оптимизации Департамента биоресурсов с разграничением переданных федеральных полномочий, в структуре исполнительной власти Республики Саха (Якутия) созданы отдельные специально уполномоченные органы, занимающиеся вопросами охоты и рыболовства.

В этом плане большой заслугой Департамента является сохранение и развитие кадрового потенциала ранее ликвидированных государственных учреждений в области рыболовства, занятого в стенах Департамента прямым исполнением государственной деятельности природоохранного направления. Создаваемые федеральные территориальные и республиканский органы рыбоохраны возглавили представители Департамента биоресурсов, а специалисты-ихтиологи Департамента составили основу персонала вновь созданных структур Росрыболовства. Здесь также надо упомянуть, что по инициативе руководства Департамента опережающими действиями на базах Биолого-географического факультета Якутского государственного университета и Якутского сельскохозяйственного колледжа велась подготовка специалистов ихтиологов и рыбоводов из числа студентов, многие из которых сейчас трудятся по специальности.

В ходе проходившей административной реформы на базе Департамента биоресурсов созданы специализированные структурные подразделения природоохранного направления: Специализированная инспекция по борьбе с браконьерством (ОСИБНИБ), Управление водных биоресурсов Минприроды РС(Я) и Госохотохрана Департамента охотничьего хозяйства РС(Я).

В 2012 году на основании распоряжения Правительства РС(Я) от 14.01.2012 года № 3-р «О реорганизации государственного учреждения «Департамент биологических ресурсов Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия)» начали функционировать 2 учреждения: государственное бюджетное учреждение РС(Я) «Дирекция биологических ресурсов и особо охраняемых природных территорий Минприроды РС(Я)» и государственное казенное учреждение РС(Я) «Служба обеспечения деятельности Минприроды РС(Я)».

Обновленная Дирекция биологических ресурсов, особо охраняемых природных территорий и природных парков продолжает деятельность старейшего подразделения Министерства охраны природы РС(Я) – Департамента биологических ресурсов, направленную не только на сохранение и восстановление биоразнообразия, но и на осуществление руководства особо охраняемыми природными территориями регионального значения природных парков республики.